地方上，督撫同城卻互不隸屬，往往明爭暗斗，為有志之士詬病已久。因此，肅順建議，凡是督撫同城，只保留總督，裁撤巡撫。
除中華帝國占有的南方各省外，滿清治下尚有4川、湖北、云南、甘肅4省督撫同城。尤其是4川，既有巡撫，又有總督，而4川總督僅轄4川1省，與巡撫完全重合。
此番改革后，將裁撤4川巡撫、湖北巡撫、云南巡撫、甘肅巡撫4個大員。巡撫衙門下屬的官僚，也將全部裁撤。
這是1番非常大的變動，咸豐頗有憂慮，問肅順道：“1下子裁撤4個封疆大吏，會不會影響人心士氣？”
肅順非常坦率地回答道：“短時間內(nèi)會有，但從長遠看，這是1件利國利民的好事。奴才建議在邊疆設(shè)置行省，安置這些被裁的官吏。
“具體來說，就是在西北、蒙古、青海、東北設(shè)置行省。西北設(shè)置1巡撫，青海設(shè)置1巡撫，蒙古設(shè)置1總督，東北設(shè)置1總督、兩巡撫?！?br>
在邊疆地區(qū)設(shè)置行省，徐繼畬的奏折里已有提及，百官亦多響應(yīng)。咸豐也很動心，和肅順1起走到1幅巨幅地圖前，詳細研究起設(shè)置邊疆行省問題。
清代對邊疆的控制頗為有力，尤其是蒙古、新疆、西藏，歷來不服中原王朝的統(tǒng)治，卻在清朝投入了中原王朝的懷抱。
境隨時遷，隨著西方列強的滲透、南方菁華地區(qū)的淪陷，滿清必須加強對邊疆的控制。最有效的措施，莫過于在邊疆設(shè)置行省，實行與內(nèi)地相同的府、廳、州、縣體制。
新疆原本分為兩部，即天山北路的準部、天山南路的回部，由伊犁將軍統(tǒng)帶。其中，蒙古游牧地區(qū)實行盟旗制；維吾爾、布魯特、塔吉克等族實行伯克制類似于西南地區(qū)的土司制度。
在這種管理制度下，新疆軍政不分，回部各族不斷反叛，而俄國、英國、浩罕國又不斷滲透新疆。時至今日，伊犁將軍只管軍政不理民事的軍府制，已經(jīng)行不通了。
咸豐君臣1致決定設(shè)立新疆省，省會為烏魯木齊，設(shè)巡撫1員，受陜甘總督節(jié)制。伊犁仍設(shè)將軍，統(tǒng)管伊犁、塔城兩處邊防，不再總統(tǒng)全疆軍務(wù)；塔城增設(shè)副都統(tǒng)1員，主司塔城邊防。
清代青海大致以黃河為界，分為青海蒙古和玉樹等4十族土司。黃河以北主要為蒙古人，有和碩特、輝特、綽羅斯準噶爾、土爾扈特、喀爾喀5大部落。
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